Julien Prudent a obtenu son doctorat en biologie cellulaire en 2011 à l'Université Claude Bernard Lyon 1 (Lyon, France). Au cours de sa thèse, menée dans le laboratoire du Pr Germain Gillet, il a étudié le rôle des protéines de la famille BCL-2 dans la signalisation calcique au cours du développement embryonnaire du poisson-zèbre. En 2013, il a rejoint en tant que chercheur postdoctoral le laboratoire de la Pr Heidi McBride à l'Université McGill (Montréal, Canada), où il a étudié les liens entre la dynamique mitochondriale, les sites de contact entre organites et l'homéostasie cellulaire. En 2016, il a créé son équipe de recherche indépendante au sein de la MRC Mitochondrial Biology Unit de l'Université de Cambridge (Cambridge, Royaume-Uni). Depuis, ses travaux se concentrent sur la manière dont le remodelage des membranes mitochondriales et la communication entre les mitochondries et les autres organites régulent l'homéostasie et le destin cellulaires, en s'intéressant plus particulièrement à la dynamique mitochondriale, aux sites de contact membranaires et à la signalisation par l'ADN mitochondrial. En septembre 2026, Julien Prudent a rejoint l'Institut Imagine à Paris, avec une affiliation au département Biologie cellulaire et infection de l'Institut Pasteur. Son laboratoire y poursuit l'étude des mécanismes moléculaires qui relient l'architecture mitochondriale et la communication entre organites à la signalisation cellulaire, à l'inflammation et aux maladies.